Un Segnalino Magia è un tipo di Segnalino che può essere messo su certe carte, la maggior parte di Tipo Incantatore, il cui effetto permette di guadagnare Segnalini Magia. Carte come queste in genere hanno effetti che permettono di guadagnare Segnalini Magia quando una Carta Magia viene attivata ( tuttavia ci sono eccezioni come "Mandragola Pianta Magica" o "Mago di Arcanite" ). Un esempio è "Abile Mago Nero". Altre carte come "Pietra del Potere Nero-Pece" hanno effetti che permettono loro di piazzare Segnalini Magia su altre carte.
Un Segnalino Magia da sè non è di alcuna uilità. Certe carte hanno effetti che richiedono Segnalini Magia per usare i loro effetti. Quando una carta con dei Segnalini Magia su di sè viene messa coperta o distrutta i Segnalini Magia si perdono tutti.
Spesso sulle vesti dei mostri che utilizzano Segnalini Magia sono presenti dei segni simili a quello indicato sulla carta Trappola Pietra del Potere Nero-Pece. Potrebbero essere dunque dei Segnalini Magia essi stessi, o forse dei contenitori per essi. Sono stati rilasciati 2 Deck basati sui Segnalini Magia: "Structure Deck: Comando dell'Incantatore" e "Structure Deck 6: Giudizio dell'Incantatore".